25 mondes regorgeant d'ênigmes et des tonnes de possibilités de transformations incroyables pour l'aventure la plus extraordinaire que Wario ait jamais connue à ce jour. C'est en mangeant des beignets, en se faisant mordre, en se faisant écrabouiller par de lourds objets, ou en buvant des potions que notre petit moustachu en salopette se métamorphose en l'un des différents personnages parmi la bonne vingtaine que comprend le jeu, dont Zombie Wario, Fat Wario, Frozen Wario, Crazy Wario, Invisible Wario ou Snowman Wario. Toutes ces possibilités de transformations sont bien utiles tant les habitants du monde étrange de Wario Land 3 sont déterminés à empêcher Wario d'aider une silhouette mystérieuse à retrouver cinq boites à musique Abréger