Suite à l’apparition d’une mystérieuse île flottante au dessus du ciel paisible de Yoshi’s Island, une bande d’enfants disparaît de l’école. Heureusement, bébé Mario, bébé Peach et bébé Donkey Kong réussissent de justesse à échapper au rapt. Yoshi, accompagné des trois bébés stars, se mettront donc en route pour sauver les enfants et mener une enquête sur l'île sinistre qui flotte au-dessus de leur monde. Le titre utilisera bien entendu le double écran afin d’afficher le niveau joué sur les deux surfaces utilisables de la DS. Abréger