Après sa terrible aventure sur l'Ile du Temps, le Prince est de retour à Babylone, sa terre natale. Mais à son arrivée, il découvre une ville à feu et à sang et se rend compte que son propre royaume s'est retourné contre lui ! Pour contrer l'armée d'infatigables envahisseurs qui a réduit Babylone à l'état de ruine, vous devrez utiliser les Sables du Temps pour aider le Prince à contre-attaquer. Mais l'esprit du maléfique Dark Prince s'empare peu à peu du corps du Prince et le rend désormais capable des gestes les plus dévastateurs.