Le joueur va commander une unité expérimentale de soldats exceptionnels, nom de code du projet : NÉMÉSIS. Il s'agit d'une équipe de huit agents spéciaux parfaitement entraînés dont l'organisme a été modifié génétiquement de façon à en faire de véritables surhommes. L'Amérique n'est pas définitivement terrassée. Les uniques survivants de cette tragédie se sont regroupés à l'extérieur de la ville. Cette ville a d'ailleurs quelque chose de particulier car elle abrite également les Fidèles. Il doit exister une raison à cette épidémie de peste, et c'est dans cette ville que l'on doit essayer de trouver la clé du mystère. Abréger